โดยเริ่มแรกในปีการศึกษา 2537 กรมสามัญศึกษาได้อนุมัติให้โรงเรียนชัยนาทพิทยาคม  ดำเนินการเปิดรับนักเรียนเข้าเรียนในนามโรงเรียนชัยนาทพิทยาคม(สาขา) โดยรับ นักเรียนชั้นมัธยมศึกษาปีที่ 1 จำนวน  2 ห้องเรียน 90  คนและในปีการศึกษา  2538  และปีการศึกษา  2539  กรมสามัญศึกษาอนุมัติให้เปิดรับนักเรียน ในนามโรงเรียนชัยนาท พิทยาคม ๒  จำนวนปีการศึกษาละ 6  ห้องเรียน 270  คน โดยใช้บุคลากร  วัสดุ  อุปกรณ์  และอาคารสถานที่ร่วมกับ โรงเรียนชัยนาทพิทยาคม จนกว่าจะหาที่สร้างโรงเรียน ใหม่ได้และมีความพร้อมด้านอาคารสถานที่

ในปีการศึกษา  2538  ใช้ที่ดินสาธารณะประโยชน์บริเวณเชิงเขาพลอง บ้านเขาขยาย หมู่ 4 ตำบลเขาท่าพระ   อำเภอเมืองชัยนาท  จังหวัดชัยนาท  ซึ่งทางจังหวัดกำหนดเป็นศูนย์ราชการจังหวัดในอนาคตเป็นสถานที่ตั้งโรงเรียน จำนวน 60 ไร่ และเริ่มการก่อสร้างอาคารเรียนและอาคารประกอบจนกระทั่งเสร็จสมบูรณ์พร้อมทำการเรียนการสอน

ต่อมาในปีการศึกษา  2549  นายวุฒิ  วัดคำ  ผู้อำนวยการโรงเรียนพร้อมกับ คณะครูผู้ปกครอง  คณะกรรมการสถานศึกษา และชุมชน มีความเห็นตรงกันว่า โรงเรียนชัยนาทพิทยาคม  ๒  ควรสังกัดองค์กรปกครองส่วนท้องถิ่น เพื่อให้สามารถ พัฒนาโรงเรียน ให้เจริญก้าวหน้า จัดการศึกษาตอบสนองความต้องการของท้องถิ่นได้ดียิ่งขึ้น จึงยื่นเรื่องขอไปสังกัดองค์การบริหารส่วนจังหวัดชัยนาท  และได้รับการอนุมัติ เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม  2549 โดยในครั้งแรกถ่ายโอนเฉพาะด้านภารกิจ และได้ถ่ายโอนด้านทรัพย์สิน  เมื่อวันที่  19  กุมภาพันธ์  2550 ถ่ายโอนบุคลากร เมื่อวันที่  16  เมษายน  2550  โรงเรียนชัยนาทพิทยาคม ๒  จึงเป็นโรงเรียนในสังกัด องค์การบริหารส่วนจังหวัดชัยนาท โดยสมบูรณ์และเมื่อวันที่  22 กรกฎาคม 2554  ได้เปลี่ยนชื่อโรงเรียนจากโรงเรียนชัยนาทพิทยาคม ๒  เป็นโรงเรียนองค์การบริหารส่วนจังหวัดชัยนาท

ปัจจุบันโรงเรียนองค์การบริหารส่วนจังหวัดชัยนาท เปิดสอนในระดับ มัธยมศึกษาปีที่ 1 -  6       จำนวน  18 ห้องเรียน โดยภาคเรียนที่ 1 ปีการศึกษา 2562  มีนักเรียน จำนวน 399 คน มีบุคลากรจำนวน 40 คน ประกอบด้วย ข้าราชการครู จำนวน  20 คน  ข้าราชการ (สนับสนุนการสอน)  จำนวน 2 คน พนักงานจ้าง (ปฏิบัติหน้าที่สอน) จำนวน 6 คน พนักงานจ้าง (สนับสนุนการสอน) จำนวน 10 คน และลูกจ้างประจำ จำนวน 2 คน ภายใต้การบริหารงานของ  นายปรีชา  ตุ้มโท  ครูชำนาญการพิเศษ  รักษาราชการแทน ผู้อำนวยการสถานศึกษา